由于冷水鱼养殖主产区多处于偏远和经济欠发达地区，长期科技投入不足、物流不畅、产业技术体系不健全、养殖技术粗放、作坊式经营、大量江河湖泊冷水资源未能得到有效利用；饲料营养缺乏规范、导致种质退化、病害频发、产品品质低等问题凸显；特别是处于产业链两端的良种生产和精深加工滞后、技术与贸易信息不畅、增加了生产风险、制约了产业的进一步发展和产品国际化进程。由于缺乏产品品质鉴定技术和加工工艺，养殖的商品鱼很难进入高端国内市场，反而需要每年进口3万吨左右的冷水鱼产品。

3.1、缺乏优良养殖品种

世界冷水性鱼类，特别是大西洋鲑养殖发展的历史已经证明，人工选育良种是养殖产业健康发展的基础和前提。目前，我国缺乏自主研发的适合本国养殖条件的高产、优质、抗逆性强的冷水性鱼类良种，绝大多数养殖的仍是引进种和野生土著种类。我们的鱼类育种技术研究相对滞后，良种体系不健全，导致无法执行严格的苗种准入制度，冷水鱼养殖种质混杂、遗传背景不清、近亲繁殖普遍。任何养殖场都可以随意杂交繁殖和销售，造成种质退化严重，良种覆盖率低。目前冷水性鱼类除黑龙江水产研究所、甘肃所在虹鳟上开展了人工定向选育工作之外，其他养殖品种均是未经人工选育的野生种或引进种。裂腹鱼养殖的有裸鲤、齐口裂腹鱼、异齿裂腹鱼、大理裂腹鱼；鲑科鱼类中有哲罗鱼、细鳞鱼；红点鲑属的有花糕红点鲑、白斑红点鲑、美洲红点鲑、河鳟（亚东鲑）；鲟鱼类有施氏鲟、达氏鳇、西伯利亚鲟等均是野生种或引进种经过驯化养殖。由于不重视血缘关系，近亲繁殖造成生产性能下降，体色、肉质下降，饲料利用率低下，成熟年龄提前等，严重影响养殖效率，制约了冷水鱼养殖产业的进一步发展。

3.2、土著冷水性鱼类种质资源保护和开发利用工作滞后

由于自然资源的过度利用和环境变迁，一些种类（如哲罗鱼、细鳞鱼等）已经处于濒危状态。 “十五”以后，在国家支撑计划支持下，黑龙江水产研究所开展了几种冷水性鱼类的人工繁殖和增殖放流方面的研究工作。2008年以来，分别放流马苏大马哈鱼，哲罗鱼、细鳞鱼等100多万尾，回捕率均在0.3%以上，在呼玛河放流的哲罗鲑占捕捞量的26%，效果良好。2002年以来，青海湖裸鲤救护中心已向青海湖放流裸鲤一龄鱼种5500万尾，评估结果显示：人工增殖放流对青海湖裸鲤资源的贡献率为19.11%。但是这方面工作还远远不够，这也是我国没有成为环太平洋地区洄游性鱼类鱼源国国际鱼类资源保护组织成员国的主要原因。

另外，由于受资金、基础设施和设备仪器等条件所限，在增殖放流工作中，缺乏放流种质的检测技术、生态环境评估技术及增殖效果评价技术。放流品种后代均为小群体野生种家养驯化而成的，而且经多代人工繁殖后，势必会造成了严重的近交衰退，从而使种群的异质性降低，基因库贫乏化，经济性状退化。种质资源保护及调控需要国家财政长期的支持，才能保证资源的永续利用和维护。