磁珠富集法是一种快速、高效的分离微卫星分子标记的方法。本研究通过该方法分离草鱼的微卫星分子标记。将草鱼基因组DNA 经Sau3AI 酶切，回收纯化400 ～ 900 bp 片段，连上接头，构建“基因组PCR 文库”。用生物素标记的简单重复序列作探针与其杂交，杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上，经一系列的洗涤过程，去除磁珠表面不含有微卫星的片段。将吸附在磁珠上的片段洗脱，PCR 扩增放大，再进行克隆和测序，根据微卫星两端的保守序列设计引物，即可得到微卫星分子标记。
我国是一个渔业大国，水产动物种类多，数量多，遗传特性复杂，依靠微卫星引物的通用性进行遗传多样性分析、连锁图谱构建、QTL定位基因、分子标记辅助育种等研究具有很大的局限性。分离微卫星所用的方法也主要是用微卫星探针筛选常规小片段基因组文库，费时费力，且阳性克隆率也非常低。磁珠富集法制备微卫星技术可以加速水产动物微卫星分子标记的筛选和应用进程同时为水产动物微卫星的分离提供了广阔前景。