基于遗传距离的亲本选择软件，是采用分子标记对繁殖群体进行亲缘或遗传距离分析，通过聚类分析结果、个体的近交系数和个体间的亲缘系数确定亲本繁殖的最佳组合（家系选育时1对1配组，群体选育或群体结构优化的多对多配组），主要作用是通过遗传距离、亲缘系数等防止近交衰退，具体原理请参考孙效文等编著的《鱼类分子育种理论》（海洋出版社，2009）。

一、流程
软件的主要流程如图1所示，繁殖群体经过遗传距离和聚类分析后，结合性别数据进行繁殖分组，然后计算个体的近交系数和个体间的亲缘系数，用来预测子代中的近交系数和亲缘系数，对繁殖分组进行评估，确定最优繁殖配组，以防止近亲衰退。

二、具体方法
1、对繁殖群体进行表型筛选，并对选择的个体进行电子标记和鳍条样品采集。表型筛选的原则是性状大于x+2S，S为性状的标准差
2、对筛选的个体进行分子标记分析，标记可采用SSR和AFLP标记，采用SSR标记，数量为20～30个。
3、对分子标记数据进行遗传距离计算和个体聚类分析，构建个体聚类树。遗传距离计算和聚类树构建可采用phylip软件包进行分析
4、用基于遗传距离的繁殖配组软件根据构建的聚类树和个体的性别进行群体分组，分组的原则是同一个聚类树分支的个体分为一组，组内的雌雄个体不能进行交配繁殖。
5、根据分子标记数据计算筛选个体的近交系数和个体间的亲缘系数，根据近交系数和个体间的亲缘系数对分组进行评估和选择，剔除近交系数大的个体，并根据个体间的亲缘系数对繁殖配组子代性状进行预测，确定最优组合。
SSR标记的近交系数计算方法如下：