黑龙江水产研究所创建于1950年,前身为东北人民政府农业部哈尔滨水产试验场，是我国建立最早的淡水水产科研机构，隶属于农业部中国水产科学研究院。其主要任务是面向黑龙江流域和北方寒冷地区渔业生产，以北方主养鱼类和冷水性鱼类为主要研究对象，从事鱼类增养殖、遗传育种、水产生物技术、渔业资源和渔业环境保护方面的公益性、应用基础性研究工作上级核定我所的机构编制为230人,非营利机构编制80人。在职职工148人，离退休职工104人。在职职工中科技人员117人,其中正高级职称22人，副高级职称27人，中级职称44人，初级及以下职称24人；有省部级突出贡献专家3名。享受政府特贴专家3名，院首席科学家2名；研究生导师13名。

所内设有遗传育种与生物技术研究室、养殖研究室、资源研究室、环境研究室。科技部、农业部、黑龙江省等依托我所建立了“淡水鱼类育种国家地方联合工程实验室”、“农业部水产生物技术重点开放实验室”、“黑龙江省冷水性鱼类种质资源与增养殖技术实验室”、 “黑龙江省冷水性鱼类遗传育种工程技术中心”、“农业部渔业环境及水产品质量监督检验测试中心”、“农业部黑龙江流域渔业生态环境监测中心”和“农业部黑龙江江流域渔业资源环境重点野外科学试验站”。

自建所以来,黑龙江水产研究所在各级领导的关怀和支持下，经过全所几代人的艰苦奋斗，取得了令人瞩目的科技成就，在科学研究领域，先后承担了国家重点基础研究发展计划（973计划）、国家高技术研究发展计划（863计划）、国家自然科学基金、国家重点科技攻关、省部级等重大科研计划项目800余项，取得科研成果140余项，其中获得国家科技进步奖6项，省、部级科技进步奖69项，一批科研成果达到了国际先进水平；在科技成果转化领域，瞄准渔业生产实际，以品种开发带动产业经济发展，实现致富一方农民，保护一个物种的目标，取得了经济效益和社会效益双丰收，推动了全国渔业尤其是“三北”地区冷水性渔业的快速发展。

1996年我所被农业部评为全国农业“百强研究所”，1997年被原国家科委确定为改革与发展重点研究所。2006 年，在全国农业科研机构综合能力评估中，我所在全国排名第21位，在农业部直属科研机构中排名第8位，在全国水产行业和黑龙江省（含中直单位）均排名第1位。2003年我所被黑龙江省委省政府授予省级文明单位称号。2002年进入国家非营利性科研机构。自进入科技创新体系以来，综合实力得到了快速发展，已逐步建设成各类设施完善、科研仪器先进的现代化水产研究机构，在冷水性鱼类研究和鱼类生物工程育种方面处于国内领先地位。

目前我所按照“突出特色，保持优势，抓住机遇，加快发展”的建设思路，全所职工正以饱满的热情、拼搏的精神，为把黑龙江水产研究所建成“国际一流，国内领先”的水产科研机构而努力奋斗.