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耐盐碱雅罗鱼转录组测序工作基本完成
作者:雅罗鱼平台  来源: 原创  人气:  录入者: 创建时间: 2012/02/19
关键字:雅罗鱼 转录组

近日,课题组采用罗氏454测序平台,分别完成了碱、淡水雅罗鱼的鳃、肾组织的转录组表达差异测序研究。

测序共得到1,826,022条序列,其中有效序列1,683,616条,平均长度298bp。序列经Newbler软件拼接得到30,606个contigs,平均长度为1,022bp。蛋白质数据库比对发现,19,196个contigs具有明确的生物学功能,与斑马鱼匹配的同源蛋白多达16,000条;数字差异表达谱分析显示,共有2247个基因在鳃、肾组织中发生显著变化,其中上调基因1049个,下调基因1198个。

目前测序数据的初步分析、整理工作已接近尾声,数据深度挖掘工作正在有序进行中。该项目的开展对揭示鱼类耐盐碱机理、培育性状优良的耐盐碱新品种,具有十分重要的科学意义。

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