中国水产科学研究院作为国家级水产科研机构，担负着全国渔业重大基础、应用研究和高新技术产业开发研究的任务，在解决渔业及渔业经济建设中基础性、方向性、全局性、关键性重大科技问题，以及科技兴渔、培养高层次科研人才、开展国内外渔业科技交流与合作等方面发挥着重要的作用。

全院现有海区研究所3个、流域研究所4个、专业研究所2个、增殖实验站4个及院部共14个单位，与地方共建了5个研究机构，分布在全国的12个省、市。全院现有在职职工2027人，其中，在职科技人员1435人。在职科技人员中，拥有副高级以上职称的研究人员578人；研究生导师178人，其中，博士生导师21人；拥有中国工程院院士3人，国家级、部级有突出贡献的中青年专家28人，享有政府特殊津贴专家29人，“百千万人才工程”国家级人选5名，院首席科学家13人。我院科技队伍已基本形成了由院士、国家级专家、部级专家、院首席科学家以及中青年优秀人才组成的层次结构比较合理的科研团队 。 　

全院共有省部重点开放实验室9个、院级重点开放实验室12个，国家级、部级质量监督检测中心10个，部级野外观测台站9个，国际水产培训中心2个，科研实验及中试基地34处，拥有千吨级海洋科学调查船2艘。 　

全院研究重点为渔业资源保护与利用、渔业生态环境、水产生物技术、水产遗传育种、水产病害防治、水产养殖技术、水产加工与产物资源利用、水产品质量安全、渔业工程与装备、渔业信息与发展战略等十大领域。

建院以来，我院科技工作者攻克了水产业持续发展中的一系列基础性、关键性技术难题，取得了一大批对渔业发展有较大促进作用的成果。1978年建院以来，全院有500多项成果获国家和省部级奖励，其中国家奖54项，省、部级奖励400多项，全院以占全国水产科研单位20%左右的科技人员，获国家和农业部奖的成果数量占全国水产行业的50%以上，水产学科获得国家科技奖励一等奖的5项成果中，水科院为主的占4项。

全院已与世界上60多个国家和国际组织的有关单位建立了密切的科技、经济合作关系，为80多个国家和地区培训了1200多名高级水产技术和管理人才。