四川省农业科学院水产研究所是四川省唯一的省级水产科研机构，现有职工134人，其中专业技术人员61人。在20世纪90年代开始对冷水性鱼类进行研究，重点对土著品种的川陕哲罗鲑、齐口裂腹鱼、重口裂腹鱼、石爬鮡等鱼类，于2009年将国家二级重点保护动物—川陕哲罗鲑驯养存活，2014年人工繁殖技术取得突破；先后承担并完成了100余项科研课题，获省部级重大科技成果奖28项，获得四川省政府科技进步一、二等奖多项，公开发表科技论文200多篇，出版科技著作30多部。主持公益性行业（农业）科研专项 “稻-渔耦合养殖技术研究与示范”，参与实施的国家大宗淡水鱼类产业技术体系、冷水性鱼类养殖产业化研究与示范、珍稀水生动物繁育与物种保护技术研究、雅鲁藏布江中游鱼类资源保护及利用等。

起草制定了30余项国家和地方标准。开展水利工程水生生物资源调查与评价，为葛洲坝、大渡河梯级电站等多项重大水利工程水生生物环境评价及渔业资源保护提供了科学方案，并编写了《长江上游珍稀鱼类国家级自然保护区综合考察报告、总体规划》。

全所以建“西部第一，全国一流”院所、建综合型淡水渔业科研强所为目标，为水产业的全面发展，建设社会主义新农村做出更大贡献。