新疆维吾尔自治区水产科学研究所成立于1988年，是全疆唯一集渔业基础科学研究、养殖新品种、新技术推广与渔业病害防治、水域环境监测、水产品质量安全检测和良种繁育、养殖生产试验示范为一体的水产综合性科研单位。

本单位科研设施较为完善，拥有科研及办公楼3000 m2、现代化实验仪器百余台套。所内设有新疆鱼类标本馆70m2，馆藏新疆土著鱼类43种属，是我区规模最大、收录鱼类种类最齐全、数量最多的资源共享基地。单位下设新疆水生野生动物救护中心，2009年列入第四批农业部水产健康养殖示范场，拥有标准养殖池塘面积600余亩、3座鱼苗繁育车间。该中心已成为我区渔业行业的成果转化基地，新技术、新产品的试验示范基地和优质鱼类苗种的供应基地。

建所26年以来，研究所共承担国家科技部、农业部、自治区科技厅等下达的各类科研项目和课题100余项，获得省部级科技进步奖7项、农业部农牧渔业丰收奖3项，出版专著7部，参加编著6部，发表论文200余篇。通过多年的研究探索，我所已在水域渔业资源环境研究与评价、天然水域冷水性鱼类增养殖技术、土著鱼类人工繁殖与开发利用、濒危鱼类保护研究等研究领域积累了丰富的经验，具有较大的优势。