南海水产研究所成立于 1953 年， 是我国最早建立的从事热带亚热带水产科学研究的非盈利公益型国家科研机构。 全所现有职工 335 人，其中高级研究人员96人，国家级和省、部级有突出贡献专家10名，享受政府特殊津贴专家26名，中国水产科学研究院首席科学家4名；博士生导师5名，硕士生导师35名。

       所内设有食品工程与质量安全研究室、水产养殖与生物技术研究室、海洋渔业资源研究室、渔业生态环境研究室、渔业工程研究室和渔业生物病害防治研究室 6 个研究室；此外，还设有渔业信息中心、海南热带水产研发中心、深圳实验基地、花都试验基地、调查船基地和饲料与南海水产研究所科技服务公司。

       依托所内各学科组建了国家水产品加工技术研发中心、农业部水产品加工重点实验室、农业部南海渔业资源开发利用重点实验室、农业部华南水产品加工与质量安全研究中心、农业部渔业环境及水产品质量监督检验测试中心（广州）、农业部水产品贮藏保鲜风险评估实验室（广州）、广东省渔业生态环境重点开放实验室、中国水产科学研究院南海水产种质资源与健康养殖重点实验室、中国水产科学研究院海洋牧场技术重点实验室、中国水产科学研究院水产品加工及综合利用工程技术研究中心、中国水产科学研究院网箱工程技术研究中心、博士后科研工作站、农业部南海区海水养殖病害防治研究中心、农业部南海区渔业生态环境监测中心、农业部南海渔业资源与环境野外科学观测试验站、农业部斑节对虾遗传育种研究中心、全国水产技术标准化委员会渔业资源分技术委员会、广东省水产标准化技术委员会、人力资源和社会保障部特有工种技能鉴定站等19个部（省）、院级重点实验室、研究中心、野外台站等。

      建所以来，已经承担各级各类科研项目2652项，获各类科研成果 840 余项，其中，国家级奖 16项，省、部级奖励 260 项。2002-2012年，承担包括国家自然科学基金、国家科技支撑计划、国家863计划等各类科研项目共1103 项，其中国家级项目281项、省部级项目644项；获得各级成果奖励104项次，其中国家奖3项，省（部）级一等奖5项、二等奖等52项。出版核心学术期刊《南方水产科学》，拥有华南地区贮藏量最丰富的热带亚热带海洋生物标本馆、新建了四大科学实验基地和一艘千吨级海洋渔业科学调查船。这些成果，为促进我国水产科学技术发展和繁荣渔（农）村经济做出了积极的贡献。