四川省农科院水产研究所始建于1977年，科技人员36名，科技创新团队两个；其中国务院政府津贴专家3名、四川省学术和技术带头人1人、四川省学术和技术带头人后备人选2人、四川省有突出贡献的专家3人。

四川省农业科学院水产研究所拥有仪器设备等总资产600多万元，其中大型仪器设备20余台（套）。在鱼类移养驯化、人工繁养、饲料及饲料添加剂、鱼药研究等领域开展过大量研究，成功移养驯化了中华鲟、胭脂鱼、岩原鲤等10多种名贵野生鱼类，在国内率先成功完成大口鲇、长吻鮠的移养驯化和人工养殖技术研究，获省政府科技进步一、二等奖。“十一五”以来，承担了现代农业产业技术体系项目-国家大宗淡水鱼类产业技术体系成都综合试验站工作；参加了农业部公益性行业（农业）科研专项项目—冷水性鱼类养殖产业化研究与示范等项目以及四川省“十一五”育种攻关等项目，研究进展良好；2011年，加入了由中国水产科学研究院黑龙江水产研究所倡议的、由57家产、学、研优势单位组建的“冷水性鱼类产业技术创新战略联盟”；2012年，主持农业部公益性行业（农业）科研专项项目-“稻-渔”耦合养殖技术研究与示范。
  本所地处成都和宜宾两地，下设“四川省生物资源保护与可持续利用实验室”、“鱼类资源与育种”、“长江上游珍稀鱼类遗传多样性研究”、“渔业环境与生物修复”4个实验室；占地近500亩，其中试验鱼池150亩，水库一座126亩；建有鱼类越冬、鱼类繁育等车间约3000平方米，比较完备的科研硬件设施，为本项目的顺利实施创造了条件。
  从2002年到2007年连续多年开展了黑斑原鮡人工繁殖技术工作，累计获得了4万尾以上的规格苗种。在2007年9～11月主要对林芝地区林芝县、波密县和察隅县的鱼类资源进行了野外调查，共采集到鱼类标本515号18种，隶属2目3科12属。其区系组成以中亚高原鱼类区系复合体为主,裂腹鱼类为优势类群，这与整个青藏高原的鱼类组成特点相一致，属典型的高原鱼类区系。根据资源现状与保护管理现状，提出了相应的保护对策同时在昌都地区江达县和贡觉县的鱼类资源进行了野外调查，根据资源现状与保护管理现状，提出了相应的保护对策。2012年5月初，从西藏拉萨河引入成熟的拉萨裂腹鱼亲体到四川省凉山州甘洛县的大渡河瀑布沟、深溪沟水电站黑马鱼类增殖站开展其人工繁殖技术工作，初步获得了1万尾以上的规格苗种。