长江水产研究所长期致力于长江渔业资源及珍稀特有鱼类保护技术研究，在多种长江上游特有鱼类生物学、人工繁育和增殖放流等方面开展研究，在中华鲟、胭脂鱼物种保护方面取得较好成效，其中“中华鲟物种保护技术研究”获国家科技进步二等奖。目前，主要以圆口铜鱼、鲈鲤、裂腹鱼类等偏冷水性的长江上游特有鱼类为对象，开展其保护基础生物学以及人工驯养繁育、苗种规模化生产与增殖放流等保护实用技术研究。现已实现圆口铜鱼人工繁育，昆明裂腹鱼、四川裂腹鱼、鲈鲤、长鳍吻鮈等鱼类规模化人工繁育。初步查明裂腹鱼的产卵行为和繁殖策略，以及拉萨裂腹鱼、拉萨裸裂尻等裂腹鱼类放流苗种适宜的人工标记技术和野化方法。同时，项目多年来在金沙江中上游开展鱼类栖息地环境调查和修复技术研究，并承担了金沙江中游阿海水电站、观音岩水电站和梨园水电站的人工模拟鱼类产卵场工艺设计任务