农业部黑龙江流域渔业生态环境监测中心（Heilongjiang River Basin Fishery Ecological Environment Monitoring Center，Ministry of Agriculture）成立于1986年，挂靠在中国水产科学研究院黑龙江水产研究所，是农业部渔业污染事故调查鉴定甲级资质机构。中心建立以来参与了大量的渔业水域污染事故的调查鉴定工作，为保障渔业水域环境安全和渔业的可持续发展发挥了积极作用。

中心长期承担黑龙江流域渔业生态环境监测、渔业水域污染事故的调查鉴定和评估、建设项目。监测水域包括额尔古纳河根河段哲罗鱼国家级水产种质资源保护区、黑龙江抚远江段鲟鱼和鳇鱼产卵繁殖场、黑龙江萝北段乌苏里白鲑国家级水产种质资源保护区、盘古河细鳞鱼江鳕国家级水产种质资源保护区、乌苏里江大麻哈鱼洄游通道、兴凯湖翘嘴红鲌等主要经济鱼类产卵场。监测项目包括重金属、有机污染物、浮游生物等。承担对渔业影响评价、水域使用论证、养殖物损害损失评估以及相关标准的制（修）订等工作。

中心现有科研人员15人，其中研究员1人，副研究员4人，助理研究员5人，研究实习员5人。中心实验室面积2000余平方米。现有高分辨飞行时间质谱仪、液相色谱串联三重四级杆质谱联用仪、气相色谱串联三重四级杆质谱联用仪、电感耦合等离子体质谱仪、COD和BOD测定仪等90多台大型仪器设备，设备总值3000余万元。可监测渔业水域水体、生物体及沉积环境中重金属、石油烃、化学和生化耗氧量、营养盐、微生物等100余项。