水产生物技术学科为黑龙江水产研究所传统优势学科，本学科包括水产生物重要经济性状的遗传解析、鲤科鱼类群体基因组学与选择技术和经济鱼类基因编辑技术建立及种质创新3个研究方向，主要从事鱼类基因组资源开发、水产分子育种理论与技术创新、重要经济性状遗传机制解析等的科研攻关。
近5年来，先后承担国家重点研发计划“蓝色粮仓科技创新”重点专项、农业财政专项、国家自然科学基金等20余项；获得国家科技进步二等奖1项、省部级科技奖1项、院级科技奖励2项；出版专著5部，授权发明专利10余项，发表论文140余篇，其中SCI论文50余篇。
本学科在国内率先开展水产分子育种理论与技术创新，自上世纪90年代开始开展DNA分子标记与经济性状的关系研究，先后鉴定出鲤、鲫、草鱼等主要养殖种的多态性标记8000多个，150余种鱼类3000多个DNA条形码，建立了分子水平的种质鉴定技术；构建了鲤的四代连锁图谱和分子育种新技术，促进了鲤的育种技术进步和品种的更新换代；挖掘一大批具有育种潜力的分子标记和基因，克隆了与肌间刺、脂肪酸、耐盐碱等性状相关的基因并进行了功能解析；在基因组资源开发方面，完成了鲤全基因组序列图谱绘制，成果发表于国际顶尖生物学期刊《Nature Genetics》，推动了在全基因组尺度上开展鲤重要经济性状的精确解析和基因组辅助良种选育的进程。
学科发展目标：围绕选育品质，抗逆鱼类新品种的需要，分离、鉴定与肌间刺、脂肪酸、耐盐碱等优良性状相关的功能基因（簇），明确其调控元件和功能；充分利用国内外鱼类种质资源，建立种质遗传物质保存、多样性鉴定分析技术，集成创新育种新方法和新途径，选育出符合市场需求、有重大应用前景的新品种；积极建立分子育种与种质遗传资源保存平台，为行业机构提供新技术、新方法；培养生物技术及分子育种高级专业人才，促进我国水产生物技术学科基础理论与应用技术的全面发展，在水产生物技术领域达到国内领先，国际一流。
