黑龙江水产研究所水产病害防治技术学科针对我国冷水性鱼类及北方地区主养鱼类的重大病害问题，开展基础研究、应用基础研究和相应的技术研发，以产业需求为导向，在病原生物学、分子流行病学、免疫防控技术等方面取得重要突破，预期通过重大疫病的监测预警，联合疫苗及抗病生物活性物质的应用，为水产养殖业的绿色高效发展提供理论基础和技术支撑。重点研究方向包括：（1）鱼类流行病学研究：厘清重要疫病的流行发生规律，建立病原库及分子流行病学数据库，建立重要疫病的诊断技术；（2）病原宿主互作机理研究：解析重要病原的致病机理及宿主抗感染免疫应答机制；（3）新型渔药创制研究：研发重要疫病的快检试剂盒，创制疫苗、中草药、益生菌、噬菌体等新型渔药，突破渔药产业化关键技术。
学科所在部门“水产病害与防治研究室”现有固定人员9名，其中高级职称4名，博士学位6人，研究生导师3人。“冷水性鱼类病害防控创新团队”成为首批中国水产科学研究院科技创新团队。近五年来，团队成员承担国家级、省部级等各类科研项目20余项，其中包括国家自然科学基金、国家科技支撑计划、黑龙江省重点项目、黑龙江省自然科学基金、中国博士后基金、院所基本科研业务费等，并在鲑鳟重要病毒性疫病和细菌性疫病防控方面取得重要进展，成功构建传染性造血器官坏死病IHN的核酸疫苗，已获批开展农业转基因生物安全评价；成功构建多种细菌病灭活疫苗并完成实验室水平验证。近五年在国内外学术期刊上发表科研论文100余篇，其中SCI 30余篇，主编或参编著作5部；授权专利10余项，其中发明专利8项，授权软件著作权1项；获省部级、地市级等各级奖励5项；培养博士后2人、研究生20余人。此外，研究团队积极开展密切的国际、国内科研合作与学术交流，承担各级部门交付的监测检测、技术培训及应急性工作，积极参与鱼类重要疫病防控技术体系的科学构建工作，力争提高鱼类疫病防控技术水平，推动我国水产养殖业的健康可持续发展。
