水产遗传育种学科成立于1986年，该学科紧紧围绕北方特殊生境下的鱼类良种选育这一核心问题，致力于解决区域、乃至全国淡水渔业产业有关“种”的重大技术问题，从种质资源收集、保存、育种技术创新到优质新品种创制等方面开展了卓有成效的工作。
水产遗传育种学科为黑龙江水产研究所的优势学科，先后培育松浦鲤、松浦镜鲤、松浦红镜鲤、易捕鲤、鲟龙1号等优良品种（品系），为我国淡水水产养殖提供了坚实的种质和技术保障，因在鲤育种领域取得的突出成就，2015年获得国家科技进步二等奖；我国第一个开展虹鳟养殖繁育技术研究的机构，培育的“渤海虹鳟、金鳟”优质苗种辐射全国主要冷水鱼养殖区，突破了虹鳟全雌及三倍体规模化制种技术，有望打破欧美渔业发达国家的垄断；另外，突破了引进品种山女鳟、白斑红点鲑，土著品种细鳞鲑、哲罗鲑、亚东鲑、黑斑狗鱼等的保种及繁育技术，并在全国范围内进行苗种和养殖技术的推广；完成土著种品种滩头雅罗鱼、瓦氏雅罗鱼的人工驯养及繁殖技术研究，筛选出适于我国盐碱水域养殖的耐盐碱鱼类新品系2个。
主要研究方向：
大宗鱼类遗传育种。利用传统育种技术和现代生物技术相结合的方法，开展大宗淡水鱼类的种质资源保护、利用与新品种选育及应用工作。重点培育具有抗逆强、肉质好、养殖潜力大的优良品种（品系），同时开展良种评价和优良性状保持技术研究，为良种体系建设提供技术支撑；
冷水性鱼类遗传育种。依据我国的冷水性鱼类产业发展的实际需求状况,采用水产动物多性状复合育种技术，开展以鲑科鱼类为主的冷水性水域增养殖品种的定向选育、遗传改良、种质收集及遗传管理，重点培育具有生长性能优良抗逆性强的优良品种(品系)；
耐盐碱鱼类遗传育种。北方鱼类重要经济性状的遗传解析，并利用研究结果建立分子设计育种技术，培育抗逆新品种；从生理生化、分子遗传、生物进化等方面，阐明水生生物的抗逆机制；重点研究的性状：耐低温、耐高碱、耐低氧等。
